肺囊蟲肺炎治療時可通過藥物治療、支持治療、對症治療的方式。
1.藥物治療：藥物療法是治療肺囊蟲肺炎常規性的治療手段之一。治療該種疾病常用的藥物爲廣譜抗菌類的藥物。一般情況下連續服用7~14天左右，症狀會得到有效的控制。
2.支持治療：支持治療主要以注射丙種球蛋白爲主，通過增強患者的免疫力，減緩或者是消除在發病期間的各種症狀表現。而對於伴有呼吸困難或者是呼吸衰竭等症狀的患者，則要及時吸氧，促使血液中氧濃度處於飽和的狀態。
3.對症治療：肺囊蟲肺炎在發病之後會影響到患者的正常呼吸，甚至會誘發心力衰竭，所以及時採取對症治療也非常有必要。對症治療的目的是糾正心力衰竭的症狀，避免心率速度過快。
