祖國醫學對於治療功能性疾病具有一定優勢。讓我們先來看看中醫對於本病發病機理的認識。
1)肝氣鬱結--胃腸節律功能的紊亂、精神的焦慮和緊張
中醫所說的肝包括了消化、精神神經等多個系統，認爲肝具有疏泄的功能，肝能夠正常的疏泄，則能保障情志的舒暢，氣血的流動和消化的漸旺。當因情志抑鬱，心情不暢，則可導致肝氣的鬱滯，肝氣鬱滯的結果，一是出現精神的焦慮，緊張易怒，二是克犯脾胃，導致胃腸消化和運動功能的失常;亦有因脾胃久病累及肝臟(如消化不良影響患者的睡眠，引起精神的緊張和不暢)。
兩者的病理特點均是肝失疏泄，氣機阻滯，橫逆犯胃，中焦氣滯，胃失和降，出現上腹部疼痛、痞滿、噯氣等症。曾有調查顯示，功能性消化不良患者常有神經質、性格內向、易於焦慮等個性特點，在性格缺陷的基礎上，不良的社會心理因素如急慢性威脅性生活事件可作爲誘因導致消化不良症狀和抑鬱、焦慮情緒。心理因素和消化不良相互影響，互爲因果，形成惡性循環。中醫多歸納爲肝臟和脾胃之間功能的失調。
2)脾胃虛弱--消化吸收功能低下，胃腸運動遲緩
中醫所說的脾胃居於中焦，主運化和四肢肌肉，主要包括消化和運動系統，消化功能的紊亂歸根到底是脾胃的功能失常，分而言之，脾主升清，脾氣能夠上升，則營養物質才能輸布全身;胃主降濁，胃氣得降，則消化的糟粕方能排出體外。一旦脾胃氣機升降發生錯亂，則必然會出現消化能力的減退和運動功能的紊亂。
導致脾胃虛弱的原因較多，如先天稟賦不足，體質性的消化功能薄弱;或因勞倦過度，損傷脾胃;或因大病久病，延及脾胃，或因飲食不節，損傷脾胃，導致脾胃虛弱，運化失常，飲食不能消化，升降失司，濁氣滯留胃腕，中焦痞塞不暢而發生胃痞，出現上腹部脹滿、隱痛、食慾減退等症狀。
脾胃虛弱一般又分爲脾胃氣(陽)虛和胃陰不足，兩者除出現消化不良和運動障礙的症狀外，前者多伴有不思飲食，疲勞乏力，少氣懶言，或畏寒怕冷等功能低下的表現;後者常合併有飢而不欲食，燒心，口乾不欲飲，手足心熱，舌光紅無苔等內熱的證候。
3)食(溼)滯胃脘--胃排空障礙
臨牀上，功能性消化不良患者常見的上腹部飽脹，食後加重，疼痛，早飽，厭食，舌苔厚膩，中醫多歸屬於於飲食的停滯和溼濁的阻滯，其形成的原因，多由於飲食的不節，飢飽失調，或因暴飲暴食，反覆傷胃，食阻胃腸難化，阻滯氣機，升降失常，或有脾胃素弱的基礎，不能正常的運化，難以使納入的食物得到很好的消化、吸收和排空，這不僅易導致飲食的停滯，也易釀生溼濁之邪，蘊結於中焦脾胃，使氣機的升降失常，痞結不開，表現爲痞滿之證，這也是誘發功能性消化不良的主要因素和病機的關鍵。
