衣原體感染根據感染部位不同相應的症狀表現也有一定的差異性，常見的早期症狀有咽喉疼痛、流鼻涕、尿頻、尿急等。
1、上呼吸道感染
肺炎衣原體感染潛伏期較長，可以達到15-45天左右，患者會出現咽喉疼痛、流鼻涕、聲音嘶啞等呼吸道感染性症狀。
2、沙眼衣原體感染
沙眼衣原體感染者眼睛會出現倒睫毛，眼睛經常有膿性分泌物。而性病肉芽腫病原菌也屬於沙眼衣原體感染類型之一，在感染早期，患者腹股溝淋巴結會出現不同程度腫大，與周圍軟組織形成炎性包塊。
3、泌尿生殖系統感染
患者會出現尿頻、尿急、尿不盡，尿道黏膜充血、尿道分泌物增加等症狀。
4、鸚鵡衣原體感染
鸚鵡衣原體感染主要以肺炎、非典型肺炎症狀爲主。
