從臨牀與基礎的研究中，我們發現扁平苔癬的發病因素有很多，目前一般認爲發病可能與神經精神障礙、病毒感染或精神受到創傷，緊張、焦慮、憂鬱等自身免疫有關，有報告家族中有同樣患者，是否與遺傳有關尚無確證，而關於鼻子上長扁平苔癬的原因，大家一起看本文。
免疫學因素：目前仍不完全清楚。根據本病病情波動、反覆及在上皮下固有層有炎症浸潤，主要爲來自T淋巴細胞的浸潤帶，因而考慮與免疫因素有關，並證明這些細胞不是局部增生的結果，而是來自血液。現多認爲扁平苔蘚爲免疫功能低下可導致對一種未明病毒易感性，並提出患者存在體液免疫紊亂。
局部刺激因素：不同金屬修復體在口內形成電位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔粘膜苔蘚樣改變。有報道銀汞充填體引起苔蘚樣病損，少數患者也可能對銅、鋅、銀等產生變態反應。這些可能爲遲發性超敏反應(Ⅳ型變態反應)接觸性變態可能爲遊離汞進入粘膜後成爲抗原而引起局部反應。
遺傳因素： 有人發現本病有家族史傾向，不少學者進行了家系發病研究，但系譜分析不符合單基因遺傳規律。現多從HLA(人類白細胞抗原)方面進行研究。在家族性扁平苔蘚患者所攜帶的HLA型基因，明顯高於非家族性扁平苔蘚的對照組，說明扁平苔蘚發病可能與遺傳因素有關。
