臨牀上，並不是所有肺癌都推薦做基因檢測。對於小細胞肺癌，基因突變類型通常沒有對應的靶向藥物，因此往往不會第一時間推薦測序。但如果被診斷爲肺腺癌，尤其是如果患者不吸菸，那麼目前的指南是推薦儘快做基因檢測的。原因是這部分患者中EGFR和ALK兩個基因突變概率很高，有很大可能性使用對應的靶向藥物。如果符合使用靶向藥物的條件，那麼比起化療來說，副作用會更小，療效會更好。做基因檢測，是檢測腫瘤細胞的突變，因此需要獲取腫瘤細胞。
臨牀上通常有三種方式：
1. 肺癌手術中(或胸水中)得到腫瘤樣品。
2. 穿刺活檢樣品，通常是在局部麻醉下，使用很細的針刺入疑似腫瘤，來獲取少量細胞用於分析。這樣創傷很小，可以避免不必要的手術，對患者影響小。
3.“液體活檢”。肺癌的液體活檢，主要是指通過分析血液裏的癌細胞或者癌細胞釋放的DNA進行分析，判斷癌症突變類型。這之所以能成功，是因爲晚期癌細胞，或者癌細胞的DNA，會經常跑到血液裏面，現代技術有可能把它們捕獲，進行分析。
“液體活檢”是目前最熱門的技術之一，最大的優點是無創，風險小，而且可以反覆多次取樣，但目前的準確性還是不如直接採集腫瘤樣品。
在肺癌剛確診時，建議大家一定要用組織，而且一定要用病理科老師、病理學老師評估過的組織去做檢測。這時候不太推薦血漿，除非有一小部分患者是無法接受組織活檢的。第二個階段是靶向藥物的耐藥，基因檢測如果突變，使用靶向藥物耐藥，耐藥以後，比較推薦是多基因檢測。在這裏面它的檢測樣本不管是組織或者血漿都可以，取組織畢竟在活檢是個創傷，但是有組織最好，如果取不到組織的時候，血漿是一個非常完美的替代。
