皮脂腺囊腫不能自愈，不具有自愈性，否則有惡變傾向。應及時通過手術切除、物理性療法、藥物療法等方法及時治療。
1、手術切除
皮脂腺囊腫可在局部麻醉下行手術切除術，切除時儘量將囊腫完全摘除，避免殘留囊壁而再次復發。
2、物理性療法
物理性療法主要包括激光治療、冷凍治療、電離子微創治療等。這些療法適合於胃合併感染性囊腫者。具有操作簡單，切口小、出血少、複發率低等優勢，治療後不用縫合，不會留下難看疤痕。
3、藥物療法
藥物療法以外用、口服藥物相結合應用，在減輕局部炎症反應，避免感染同時消除誘因，避免病情進一步加重。而藥物療法應用療程過長，一般需要2~3周左右方可見效。
