不同時期的賁門癌的治療原則有所不同，主要分爲早期、中期、晚期，治療需在醫生的指導下進行。具體內容如下：
1.早期：早期賁門癌病變較侷限，應力求根治性切除。部分病人亦可單純放射治療而治癒。賁門癌的治療原則爲術後或放療還可以採用介入治療，預防復發或轉移。
2.中期：中期賁門癌病人如果身體無併發症，可以考慮手術，術前可做放療或(和)化療。在病變已有廣泛轉移或有明顯外侵，並經探查不可能行根治性切除的情況下，則仍應爭取姑息性切除，力求減少腫瘤殘存體內，可能時應放置金屬標記，以便爲術後放療時定位參考。術後再進行可能的放射治療或化學治療，並輔以生物治療。但也有不少中期賁門癌患者無法手術，這時同樣可以採用介入治療。
3.晚期：晚期賁門癌病人在腫瘤已明顯侵入周圍器官形成凍結狀態，確定不能切除時，則應根據病人吞嚥困難的程度，以及全身情況等考慮是否進行減狀手術或中止手術。對無法手術者，採用介入治療效果好。這是賁門癌的治療原則之一。
