由於患者身體素質不同，支原體肺炎出現後遺症情況也有所不同。身體素質較好的患者無後遺症出現，而身體素質較差或病症較重的患者會出現喘息、腎臟、心臟多器官衰竭等後遺症。
無後遺症出現
通常情況下，身體素質較好的支原體肺炎患者，由於自身對於致病微生物的抵抗力較強，因此大多不會出現後遺症。
喘息、免疫力下降等輕微後遺症
身體素質較差的患者，多會出現免疫力明顯下降、喘息甚至肺炎反覆發作等後遺症，嚴重影響其生活質量。
多器官衰竭等較嚴重的後遺症
重度支原體肺炎患者，由於感染情況較爲嚴重，即使接受了較爲有效的治療，也會受病症的影響而出現心臟、腎臟甚至肺部多器官不同程度衰竭的後遺症。
