流感病毒會變異，當人體細胞感染兩種不同的流感病毒時，很容易發生基因重排，從而導致病毒變異，變異的毒株往往有更高的致病性。
流感病毒是分節段RNA病毒，不同毒株的基因重排率比較高，而且流感病毒的抗原性變異頻率快，主要通過抗原漂移和抗原轉化兩種形式來轉變，其中抗原轉變會引起HA和NA的的主要抗原變化，而抗原漂移者會引起次要抗原變化。病毒基因組包括了包括了8個負鏈的單鏈RNA片段，如果細胞感染了兩種不同的流感病毒，病毒的8個基因組片段便會隨機發生交換以及基因重排。
發生基因重排之後，往往會形成具有高致病性的菌株。基因重排與基因重組是不同的，基因重排只發生在同一種病毒之間。單一位點突變能夠改變表面蛋白的結構，進而改變抗原以及免疫學特性，產生抗原性變異體。
