正確使用艾草暖寶寶貼一般不會有明顯的副作用，但使用方法不當，有可能出現副作用。
艾草暖寶寶貼中含有艾草、白芷、川芎等中藥成分，並採取自發熱技術，與空氣中氧氣發生反應後釋放大量紅外線熱輻射波，促進血液循環、舒經活絡、祛風散寒、暖宮調經。中藥的副作用較小，從理論上說使用艾草暖寶寶貼沒有副作用。
但要注意正確使用艾草暖寶寶貼，否則可能有不良反應。如艾草暖寶寶貼有溫經通絡、活血化瘀的作用，月經量較大的女性不可在經期使用，以免使經血量更大、失血過多，有引起貧血的風險。孕期不可以盲目使用艾草暖寶寶貼，以免因暖貼的活血化瘀作用導致流產或早產。皮膚敏感者慎用艾草暖寶寶貼，否則可能使皮膚表面紅腫、瘙癢，出現過敏反應。一片艾草暖寶寶貼可貼敷6-8個小時，最長不要超過12個小時，如貼敷時間過長，也可能使局部出現瘙癢、紅腫症狀。
