避孕藥會影響女性月經週期。吃了緊急避孕藥後大約一星期左右，有些女性陰道會有少量出血。服用避孕藥後，月經週期被打亂，可能導致月經提前或月經推遲。
育齡婦女在月經週期的不同時期口服避孕藥，其對月經的影響也不盡相同。如果在月經前服用避孕藥，對女性月經影響比較大，容易出現陰道出血的想象。但在月經後服用避孕藥，對女性月經影響比較小。
由於每個人體質不同，服藥者對避孕藥的反應也會有所不同。有少數人在服用緊急避孕藥後會在短時間內出現陰道出血，假如出血量與月經量差不多，它可以被認爲是月經。出血乾淨後，應立即採用常規避孕方法。如果出血少，不需要做任何治療，但仍需要注意避孕，直到下一次月經來潮。
使用緊急避孕藥按照說明來的話一般不會影響身體健康。但如果長時間或大量服用，可能會使月經週期不規律。建議儘量少使用緊急避孕藥。
