孩子被診斷爲小兒先天性心臟病後，有很多家長會感到絕望，甚至感到孩子的生命在不久的將來就會走到盡頭。這些悲觀的想法十分錯誤，在確診爲小兒先天性心臟病後要儘快給孩子治療，大部分的小兒先天性心臟病預後較好。
在確診後，治療問題要根據不同的情況而定。有很多先天性心臟病的患兒會自然痊癒，對於這部分患兒只需追蹤觀察即可；如果患兒出現輕微心臟衰竭，需使用藥物進行治療；如果病情複雜，就必須手術治療才能得以矯正。有一部分小兒先天性心臟病使用心導管治療，就可以治癒該病，心導管治療是一種不會在孩子身上留下刀口而只會有小針孔的先進治療方法。
如果先天性心臟病患兒病情特別嚴重，在嬰兒時期，孩子就已經出現了發紺的症狀，在新生兒期，可能將實施第一階段手術，促使身體循環能夠維持正常水平，在成長一段時間後陸續進行其他手術治療。
像心室中隔缺損這類隨着孩子成長有可能會自動癒合的小兒先天性心臟病類型，可以先給其癒合的機會，孩子稍大時如果並未改善可再實施心導管矯正。如果是一心房一心室的嚴重先天性心臟病，可能難以百分之百治癒。
