先天性心臟病的致病原因一般有：
1、遺傳因素：先天性心臟病並不是遺傳性的疾病，但是可能由於基因異常或染色體畸變所致，5%的先天性心臟病患者發生於同一家族，患者病情相似。
2、胎兒生存環境因素：如果母體在懷孕的時候孕婦患有糖尿病而未經治療和控制病情者，胎兒患有先天性心臟病的機率就會上升。同時孕婦如果在妊娠早期接觸過一些致畸藥物，如鋰、苯妥英鈉或類固醇等；受到放射性物質如X射線、同位素等過量照射；受到病毒感染等都會提升胎兒先心病的患病率。
3、其他因素：缺氧可能會導致先天性心臟病的發生，高原地區動脈導管未閉及房間隔缺損發病率較高。有些先天性心臟病還有性別傾向性。
