新生兒淚囊炎是由於鼻淚管下端的胚胎殘膜沒有退化，阻塞鼻淚管下端，導致淚液和細菌瀦留在淚囊內，引起繼發性感染所致。約有2～4%足月產嬰兒有此種殘膜阻塞，但絕大多數殘膜可在生後4～6個周內自行萎縮而恢復通暢。因骨性鼻淚管發育不良、狹窄所致者較爲少見。
正常分娩時，嬰兒出生時由於受到母親產道的擠壓，其鼻淚管末端的瓣膜會破裂，使得鼻子和眼淚之間的通道暢通。但是，有些嬰兒出生時鼻淚管末端的瓣膜沒有破裂，導致眼淚無法通過鼻腔排出。由於眼淚沒有了出口，只好在淚囊中越積越多。事實上，這些積得滿滿的淚液，是細菌滋生的溫牀，細菌在裏面盡情繁殖，最終形成一膿包。如果裏面繁殖的病菌毒性比較強，如金黃葡萄球菌，形成的膿腫會穿破嬰兒的淚囊，跑到周圍的組織中去，這時嬰兒不僅眼淚多，還會出現患眼眼屎多、內眼角下方鼻根處又紅又腫的情況，這就是急性淚囊炎。如果治療不及時，淚囊化膿後甚至會爛穿皮膚表層，形成淚囊瘻。
