在藥效方面，即胎兒對藥物的反應與新生兒和兒童沒有太大區別，但藥物代理有其特殊點：
（1）大多數藥物通過胎盤轉移到胎兒體內：
（2）胎兒肝、腦相對較大，血流較多，6O%的血流進入肝臟，因此肝臟中的藥物分佈較多，肝臟代謝能力較低，胎兒藥物與葡萄糖醛酸結合能力不足。因此，一些通過肝臟結合解毒的藥物容易中毒。胎兒血腦屏障功能差，藥物容易進入中樞神經系統。胎兒血漿蛋白低於母體，可增加自由藥物。
（3）胎兒腎排泄藥物功能差，導致胎兒藥物積累。因此，藥物可以影響胎兒大腦、神經系統、外生殖器官的發育。孕婦在懷孕最後一週時用藥應特別注意，因爲某些藥物對胎兒在分娩時會產生嚴重的不良反應，而且胎兒成爲新生嬰兒時，必須完全承擔藥物代謝和消除的負擔。
但此時，嬰兒不完善的代謝系統無法快速有效地處理和消除藥物，因此藥物可以在嬰兒體內積累，產生過量的藥物表現。早產兒代謝不成熟，風險成正比增加。
在妊娠中晚期使用以下藥物對胎兒危險很大：
口服抗凝劑-可導致宮內出血、死胎和流產；抗甲狀腺藥物-可導致胎兒甲狀腺腫脹，甚至可導致新生兒窒息；血液平靜-可使胎兒心動過緩，新生兒循環障礙甚至發生在產後或產時；鏈黴素和其他氨基苷抗生素-可損害胎兒第八對顱神經；異煙肼-可發生新生兒腦病；四環素-可影響胎兒骨骼和牙齦的發育；嗎啡成癮鎮痛藥-可使胎兒成癮。
此外，不適用於酚類、孕酮、蛋白同化激素、口服降糖藥物、雄激素和腎上腺皮質激素等引起妊娠後期子宮收縮流產的藥物，如麥角鹼、瀉藥、奎寧、奎尼丁等。
