新生兒腹瀉一般可以使用藥物治療。
嬰兒出現拉肚子的症狀，首先可以服用蒙脫石散進行止瀉，效果比較好。比較常見的是由於新生兒肚子受涼或者吃奶不規律所誘發的胃腸功能紊亂，就會出現拉肚子的症狀，同時可以配合服用益生菌調節胃腸道菌羣失衡，能夠有效地改善拉肚子，益生菌有金雙歧等。如果新生兒在拉肚子的過程中出現身體發熱，甚至是高熱，有可能是由各種致病菌侵害消化系統所引起的急性腸胃炎，會出現不同程度的水、電解質、酸鹼平衡紊亂，所以要對症處理，給予抗生素和糾正水、電解質平衡，預防脫水，糾正脫水。醫生主要根據病史和臨牀表現，結合糞便培養、血氣和血電解質測定進行診斷。在診斷過程中，應與鼠傷寒沙門氏菌腹瀉、致病性大腸桿菌腹瀉、真菌性腸炎等疾病相鑑別。細菌性腹瀉早期糞便培養陽性率較高，懷疑有膿毒症或別的部位感染的，應及時進行相應的檢查、培養和藥敏試驗。糞便塗片可用於病毒性腹瀉，電子顯微鏡可發現病毒顆粒。病程3～4d陽性率最高。或雙血清病毒抗體檢測和快速病毒抗原檢測更爲明顯，並在2～3周達到峯值。真菌性腹瀉的糞便鏡檢可見真菌孢子和菌絲，糞便真菌培養結果呈陽性。
在腹瀉急性期暫時禁食，以減輕胃腸道負擔，恢復消化功能。輕度腹瀉只需減少牛奶量，嚴重嘔吐和腹瀉者暫時禁止擠奶。禁乳時間不宜過長，一般爲8~12小時，然後開始餵食，最好餵母乳。
