許多藥物可以通過母體血液通過胎盤進入胎兒，對胎兒產生不良影響；有些藥物可能直接導致胎盤功能下降，影響胎兒的正常發育。
如果孕婦用藥不當，往往會導致流產或胎兒功能性疾病，甚至先天性畸形。胎兒損傷或畸形通常發生在懷孕的前三個月，尤其是前八週。由於植入後受精卵開始分化，並逐漸形成不同組織和器官的雛形。在這個重要階段，如果孕婦使用某些藥物，一些組織和器官的細胞就會停止生長髮育，導致胎兒身體不完和畸形。
胎兒畸形的主要原因如下：
1.基因突變。基因是遺傳物質，可以遺傳父母的特徵。在胚胎分化期，一些胚胎組織的細胞染色體基因會因藥物的作用而突變，導致畸胎。
2.染色體畸變，其結構、形狀、數量、位置等固定。受藥物影響後，染色體會發生缺陷、斷裂、倒置、錯位、重複等變化，導致胎兒畸形。
3.蛋白質合成障礙是脫氧核糖核酸(DNA)，另一種是核糖核酸(RNA)。它們在遺傳、蛋白質和酶的合成中起着極其重要的作用。如果受到藥物的干擾，蛋白質的合成就會失敗，導致畸胎。
4.干擾細胞的有絲分裂，其特點是紡錘絲出現在細胞分裂的地程中。如果有藥物阻礙紡錘絲的形成，會影響細胞的正常增殖，導致畸胎。
5.營養和代謝異常會導致母體某些必需物質的短缺或代謝異常，影響胚胎的正常發育和生長，導致胎兒畸形。
藥物對胎兒的影響主要取決於藥物的性質、劑量、療程長度、毒性、胎盤滲透性和胎兒對藥物的敏感性。
懷孕期間，即使是對母親沒有傷害的藥物也可能對胎兒造成傷害。這主要是因爲胎兒的器官功能不完善。爲了保證母子安全，孕婦必須謹慎合理地用藥。應儘量少用或不用藥。必須用藥時，應在醫生指導下使用，不得濫用。
