治療小兒菌痢的首選藥物大致如下:
複方新諾明 主要優點是毒性小、療效高、副作用少、半衰期長、抗菌譜廣。用量:每天體重25毫克，口服兩次，早晚飯後安排。多給孩子喝水。一個療程爲3~7天。如果需要大劑量或長期服用，應服用適量的碳酸氫鈉，以避免或減少腎損傷。禁止早產兒、不足3個月的嬰兒、肝腎功能不良和磺胺過敏。此藥不能與乳酶生、促菌生、酵母片等助消化藥一起服用，以免降低後者的療效。
吡派酸 對大腸桿菌、綠膿桿菌、變形桿菌、痢疾桿菌等革蘭陰性桿菌有良好的抗菌作用。與各種抗生素無交叉耐藥性。口服，兒童每天30毫克~40毫克/Kg，分三次。副作用:有時會出現噁心、嘔吐、食慾不振、便祕、腹瀉等胃腸道反應。個別患者可出現皮疹、藥物發熱和瘙癢。
磷黴素鈣 它是一種與其他藥物無交叉耐藥性的廣譜抗生素。劑量：每天50~100毫克，口服3~4次。該藥物不良反應較少，主要是胃腸道反應，如噁心、食慾不振等。
慶大黴素 肌肉注射量爲每公斤體重3~4。5毫克，注射3次。該藥物可以靜脈滴注，但療程應控制在10天左右。目前，有人建議口服，觀察效果也很好。該藥物的常用量對腎臟和聽力沒有明顯影響。只有少數兒童有管狀尿和蛋白尿。國內統計發病率約爲2%。
痢特靈 化學名稱呋喃唑酮。劑量：每公斤體重5~10毫克，口服3次，療程5~7天。可與複方新諾明一起服用，以提高療效。口服藥物不易吸收，毒性低，只有輕度噁心、頭暈等反應。
腸炎靈 是一種高效的抗菌收斂藥物。成年人每天口服4粒。兒童根據年齡減少。服藥期間尿液爲紅色，停藥後恢復正常。
值得注意的是，止瀉藥不應用於小兒菌痢早期，如止瀉藥、炭片、硅炭銀、單寧酸蛋白等。這是因爲細菌性痢疾兒童可以通過排便將腸道內的細菌和細菌毒素排出體外腹瀉，有利於病體的恢復。如果過早使用止瀉藥，很難排出兒童體內的細菌和毒素，這往往會加重病情，延長病程。細菌性痢疾兒童應多喝水，多排便，高燒者可給退熱劑或物理降溫，如酒精浴等。此外，兒童腹瀉時應少喝糖水。因爲糖在腸內容易發酵，反而會加重腹瀉。
細菌性痢疾的治療應徹底，不應以是否有症狀作爲停止治療的標準，而應以腸道病變的癒合作爲停止治療的依據。因此，治療過程應反覆檢查糞便，並進行糞便培養。如果劑量不足，療程不夠長，治療不徹底，可能會轉化爲慢性痢疾。因此，對於細菌性痢疾，應在急性期進行治療，以完全治癒。
