腸胃感冒可以吃非甾體類抗炎藥來緩解發熱、頭痛的症狀，吃僞麻黃鹼來減輕鼻塞、流涕的症狀，有嚴重腹瀉表現的病人還可以吃蒙脫石散來保護消化道黏膜，同時需注意補充水分和電解質。有免疫缺陷者還應使用利巴韋林、干擾素等廣譜抗病毒藥物。
腸胃感冒的主要病因是病毒感染上呼吸道，臨牀上沒有特效的針對病原體的治療方法，一般以對症用藥治療爲主。
如果患者出現發熱的症狀，可以口服尼美舒利等非甾體類抗炎藥，這種藥物具有解熱、鎮痛、抗炎的作用，不會對胃粘膜的屏障作用產生較大影響，與阿司匹林、布洛芬等傳統抗炎藥相比，引發消化道出血等不良反應的風險較低。
如果患者有鼻塞、流鼻涕等表現，可以吃僞麻黃鹼，該藥可以使鼻黏膜血管收縮，阻止血漿進入鼻黏膜組織間隙，但高血壓、甲亢、糖尿病、前列腺肥大患者不宜服用僞麻黃鹼，以免造成嚴重不良反應。
一般情況下，人體自身免疫系統可以清除病毒，不需要額外進行抗病毒治療，但如果患者有免疫缺陷，應該在醫生的指導下使用利巴韋林、奧司他韋等抗病毒藥物，絕大多數患者可以在五到七天內痊癒，且預後較好。
