藥物對胃腸道的刺激引起的。70%的腹瀉患者不需要使用抗生素，並不等於不需要藥物治療，有些藥對這部分病人療效顯著。一類藥爲腸黏膜保護劑，常見的有思密達。該類藥物來源於純天然物質，很安全，口服後廣泛覆蓋在腸黏膜表面，形成一層保護膜，固定吸附有害病菌及其毒素，使病原物不易侵入腸壁，保護並促進腸黏膜再生修復。另一類藥爲微生態調節劑，常見的有培菲康。人體中存在很多正常細菌，如雙歧桿菌等，數量爲人體細胞總數的十倍，主要分佈於腸道，爲人體生命活動所不可缺少。如果正常細菌數量下降或比例失調，就會出現腹瀉，腹瀉又將進一步加重菌羣失調。微生態製劑是以雙歧桿菌爲主的正常細菌，口服後可促進正常菌羣恢復而起到治療腹瀉的目的。
