男性不育症的治療要根據病因，有的放矢。不育者在查明病因後，應根據自己的經濟條件和醫生意見，選擇適合自己的方法，逐步治療。
1、改善精子質量、無精子症或畸形精子症患者。提高精子能量的藥物，如核苷酸、胰腺肽釋放酶、鋅劑、維生素e、a等，性激素類藥物有克羅米酚、絨毛膜促性腺激素(HCG)、補腎益精的中藥和中藥等。
2、病因治療。對於性病、前列腺炎、輸精管炎、睾丸炎等生殖道感染，早期控制泌尿生殖系統的炎症對治療和預防不育非常重要。
3、 男性功能障礙如陽萎、早泄、不射精、逆行射精等
4、 手術治療，包括尿道下裂、包皮過長等。輸精管再通吻合術、結核等所致的輸精管梗阻，對於難以復通的輸精管損傷可行睾丸或附睾取精，分離出精子行卵母細胞內單精子注射（ICSI）-胚胎移植（ET）
5、 輔助生殖技術治療：
如果經過反覆檢查、治療，確認不能生育的夫婦，必須冷靜地面對現實，可以考慮做人工授精或試管嬰兒。適用於無精症、少精症和弱精症患者，人工授精是用人工方法將精液注入女性生殖道，取代性交方式使女性懷孕的技術。精子庫的精子也可以用丈夫的精子，人工授精被認爲是安全有效的治療不育症的方法。
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