MDS的確切病因至今尚不清楚。有些證據表明，有些人一出生就有形成MDS的傾向。這種情況可視爲外部因素引起的開關。如果這種外界因素無法識別，這種疾病被稱爲原發性MDS。浙大附屬第一醫院血液病科佟紅豔
癌症放療和化療是形成MDS。患者採用化療藥物或放射治療治療可能治癒的癌症時(例如乳腺癌或睾丸癌、霍奇金病、非霍奇金淋巴瘤)，治療後長達10年，存在MDS的風險。使用癌症化療或放療後形成的MDS，被稱爲繼發性MDS，通常與骨髓細胞的多個染色體異常有關。這種類型的MDS很快就進入了AML。
長期接觸特定的環境或工業化學物質，比如苯，也可以觸發 MDS。雖然現在苯的使用受到了很高的限制，但是現在還沒有明確其他化學物質容易患上MDS，有些職業已經貼上MDS和AML的易患標籤，如油漆工、煤礦工、防腐師。目前尚未發現可以導致 MDS 的已知食品或農產品。雖然每天飲酒可能會降低紅細胞和血小板計數，但是酒精不能導致 MDS。目前，沒有足夠的數據證明吸菸可以增加MDS的風險。然而，衆所周知，吸菸者患AML的風險是非吸菸者的1.6倍。
患者及其家屬往往擔心 MDS 是否會傳染。目前尚未有證據表明病毒可以引起 MDS；因此，MDS 不會傳染給親人。
MDS 是非遺傳性的。事實上，家庭成員（包括兄弟姐妹）同時被診斷爲 MDS 的情況是非常罕見的。
