阿米巴結腸炎的慢性患者貧血和營養不良。另外，腸壁組織在緊急、慢性期受損，可引起以下合併症。
1、腸穿孔引起腹膜炎
254例阿米巴痢疾患者報告，手術和屍體解除證明腸穿孔患者19例，7.48%。據報道，3013例中97例發生腹膜炎(3.2%)，發生率不高，但預後差。
2、阿米巴性闌尾炎
186例阿米巴患者尸解報告中，40%有闌尾炎。報告60例中26.67%合併有闌尾炎。發生率確實很高。因此，在阿米巴高發地區，許多急腹症是由阿米巴性闌尾炎或阿米巴性闌尾穿孔引起的。
3、腸狹窄
慢性阿米巴結腸炎病人，腸壁組織增生、肥厚以及阿米巴肉芽腫形成，導致狹窄。少數患者形成腸梗阻需要手術治療。
4、阿米巴瘤
報告的3013例患者中，15例發生了阿米巴瘤(0.5%)。
5、非特異性潰瘍性結腸炎
阿米巴原蟲徹底消滅，變成非特異性潰瘍性結腸炎。
此外，腸道大出血、腸息肉、腸套疊等罕見。
