一、本病的治療原則是
選用有效藥物，根治腸道內阿米巴；糾正水、電解質紊亂；預防併發症，尤其是腹膜炎的發生。
1、一般治療包括增強體質、減輕症狀、補充體液和糾正電解質紊亂等。
2、病原治療病原治療大多需要抗組織內與抗腸腔內阿米巴藥聯合使用，在嚴重流行區，可間歇性集體服用甲硝唑或二氯尼特（二氯散糠酸酯）。
二、抗組織內阿米巴藥
包括甲硝唑、替硝唑、去氫依米丁等。首選甲硝唑，1.0～1.2g/d，分3次餐後服，連服5～10天；兒童50mg/（kg·d），分3次服，連服7天。副作用主要是胃腸反應，早產和哺乳期婦女禁用。此外，服藥前後不得飲酒。否則，就會發生戒酒硫的反應(顏面變紅，脈搏加快，呼吸困難，出疹子，嘔吐，顏色蒼白，低血壓，嚴重者心律失常，心肌梗塞等)。替硝唑劑量爲成人1~2g/d，兒童30~40mg/(kg.d)，早上服用，連續服用5天，該藥吸收快，半衰期長，副作用小。
三、抗腸腔內阿米巴藥
1、四環素對腸腔腸壁滋養體有效，劑量500mg，4次/d，連服5天。鹵化羥基喹酮口服效果好，腸腔內濃度高，對輕量和無症狀包裝者有效，該藥物含喹碘方，劑量500mg，3次/d，連續服用10天，1%溶液100~150ml可保留灌腸，雙碘羥基喹酮劑量600mg，3次/d，連續服用15~20天，該藥物主要副作用爲腹瀉，偶爾噁心、嘔吐、腹部不適，對碘過敏者和甲狀腺疾病患者禁用。二氯尼特是新合成的抗阿米巴藥物，劑量爲500毫克，3次/d，連續服用10天。
2、暴發性阿米巴腸病用甲硝唑或依米丁(吐根鹼)，加入廣譜抗生素(四環素)的慢性阿米巴痢疾用甲硝唑或替硝唑1或2個療程，還沒有治癒的人，可以用其他作用於腸內原蟲的藥物，如喹碘方等治療。
四、對症治療
高熱者退熱，呼吸衰竭者使用中樞性呼吸興奮劑，如尼可剎米等，同時糾正水和電解質紊亂的腸出血和休克發生時輸血，加入血管活性藥物的細菌混合感染時，選擇適當的抗生素治療等。
五、併發症治療
1、腸穿孔治療:發生腸穿孔者應立即手術探索。小孔可縫合修補，同時放置腹腔引流多發孔發穿孔和穿孔大，腸壁死，估計修補困難時，應考慮局部結腸切除。一致困難時，外置兩端造口或穿孔腸段，然後進行二期腸一致手術。患者情況危急，穿孔腸段切除和外置困難時，只有近側腸管端式或褶皺式造口，才能引流穿孔壞死部位置管。術後積極治療阿米巴病及腹膜炎。這種患者術後預後不良，病死率高。
2、結腸阿米巴肉芽腫:藥物治療無效，需要手術治療，其方法是切除肉芽腫腸段，做腸吻合術。
3、阿米巴病闌尾炎:術前難以確診，一般在手術中除闌尾病變外，盲腸壁也變厚，考慮到腸阿米巴病的可能性，需要藥物治療。闌尾切除術後，留端癒合不良，形成膿腫，或引流後形成瘻管時，取引流物送病理檢查，找到阿米巴原蟲明確診斷，用藥治療後可能癒合。
