嗜酸細胞性胃腸炎的西醫治療原則是消除過敏原，抑制變態反應和穩定肥大細胞，緩解症狀，消除病變。主要治療措施:
一、內科治療
1、飲食控制、確定或可疑過敏食品或藥物應立即停止使用。沒有食物和藥物過敏史的人，牛奶(特別是兒童)、雞蛋、肉類、蝦、麥膠製品等可能引起過敏的食物可以採用順序排除。很多患者在從飲食中排除相關致病食物或藥物後，腹部疼痛和腹瀉迅速改善，尤其是以粘膜病爲主的患者，效果更加明顯。雖然飲食控制不一定能治本病，但一般在制定治療方案時，一定要把飲食控制作爲基本措施，先應用。
2、糖皮質激素的應用激素對本病有很好的治療效果，很多病例在用藥後1~2周內症狀得到改善，腹部痙攣性疼痛迅速消除，腹瀉減輕和消失，外周血嗜酸性粒細胞下降到正常水平。以腹水爲主要表現的漿膜型患者在激素應用後7～10天腹水完全消失。長期療效也很好。個別病例激素治療不能完全消除症狀，添加硫唑布丁常用的良好療效(每天50~100mg)。一般應用強鬆20~40mg/d，口服，連續7~14天作爲療程。也可以應用相當劑量的地塞米松。
3、色甘酸二鈉應用色甘酸二鈉(色甘酸鈉)系肥大細胞穩定劑，穩定肥大細胞膜，抑制脫粒反應，防止組織胺、慢反應物質和緩激肽等介質釋放，發揮抗過敏作用。色甘酸二鈉的用法爲40~60mg，每天3次。它也用於800~1200毫克/d。療程從6周到5月不等。糖皮質荷爾蒙的治療無效，或者產生比較嚴重的副反應者甘酸二鈉治療，作爲前者的替代藥物。
二、手術治療
對於病變侷限性以肌層浸潤爲主的患者，經常有幽門梗阻和小腸梗阻，可以考慮胃次全切除或腸段切除或胃腸吻合術。手術後，如果仍有症狀或嗜酸粒細胞上升，可以使用小劑量強的鬆、5毫克或2.5毫克/d口服，並保持一段時間的治療。
