結腸癌需要鑑別的疾病有腸結核、腸息肉和腺瘤、結腸炎及潰瘍性結腸炎、Crohn病、闌尾炎及闌尾膿腫、血吸蟲性肉芽腫等。通過詳細的問診（包括現病史和既往史）和體檢、科學合理的輔助檢查，鑑別診斷一般不難。關鍵是對該病的正確認識和重視程度。
1、結腸結核是結核桿菌侵害結腸引起的慢性感染性疾病。近年來，由於耐藥菌株的產生，結核病的發生率呈上升趨勢。結核桿菌可以通過腸胃、血液或直接蔓延到腸道。目前繼發性腸結核較多。肺結核是最常見的一個感染途徑，開放性肺結核患者吞嚥下含有結核桿菌的痰液、唾液，引起繼發性腸結核。屍檢發現，70%的結核患者伴發有腸結核。
2、結腸息肉和腺瘤腳樣隆起物，臨牀上關於息肉的定義和範圍混亂，包括腫瘤性和非腫瘤性多種病變。
3、潰瘍性結腸炎是結直腸的非特殊性炎性疾病，與Crohn疾病一起統稱爲炎性腸病(imflamatorybowellodisease、IBD)。
4、Crohn病1932年，Crohn和首先報道這種病，之後越來越多，1973年WHO將這種病命名爲Crohn病(Crohndisease、CD)。CD和UC統稱爲炎性腸病。CD的好發年齡在40歲之前，佔60%，平均27歲，可見各年齡段，男女發病概率無差異。
5、血吸蟲性肉芽腫:我國屬於血吸蟲病多發區，血吸蟲病侵入腸道，形成肉芽腫，引起腸道梗阻，發展結腸癌。血吸蟲病肉芽腫引起結腸梗阻的概率爲35%，直腸癌的發生率爲6%，血吸蟲性肉期病變多位於直腸和乙狀結腸。
