大人調節腸道菌羣的藥主要包括益生菌、益生元、合生素等，以益生菌類藥物應用最爲常見。
益生菌類藥物可以構建腸道微生態平衡，含有雙歧桿菌、枯草桿菌、乳酸桿菌、地衣芽孢桿菌的一些微生態製劑。常用藥物有，雙歧桿菌三聯活菌膠囊、雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片、乳酸菌素片、地衣芽孢桿菌膠囊、布拉氏酵母菌散、複方嗜酸乳桿菌片、酪酸梭菌二聯活菌膠囊、凝結芽孢桿菌活菌片等。溫水沖服，避免和抗生素藥物聯用。
益生元主要是營養保健使用，促進腸道有益菌的繁殖，抑制有害細菌生長，包括乳果糖、蔗糖低聚糖等；合生素是一種益生菌和益生元成分都有的製劑，臨牀應用少一些。
