慢性扁桃體炎可引起腎炎、關節炎、風溼性心臟病、中耳炎等疾病，引起扁桃體周圍膿腫，嚴重時可導致死亡。
一、引起其他疾病
慢性扁桃體炎主要表現是咽乾、咽痛、咽部堵塞感、口臭等，反覆發作可誘發慢性腎炎、風溼性心臟病、關節炎等。若炎症蔓延至周圍組織和器官，可引起鼻竇炎、中耳炎、支氣管炎等疾病。嚴重慢性扁桃體炎可導致扁桃體周圍膿腫，嚴重時導致死亡。
二、影響免疫功能
扁桃體炎反覆發作需切除扁桃體治療，其是人體免疫器官，切除後影響免疫功能，導致咽腔擴大，引起喝水嗆咳、咽部乾燥、異物感等後遺症。
