小兒柴桂退熱顆粒組方藥物中，大部分都是微寒、辛甘、微苦的中藥，還有溫性的桂枝，只有黃芩的藥性苦寒，藥性比較平和，相對副作用很少或比較輕微，如能做到正確辨證使用，一般沒有什麼副作用。
只有少數孩子由於腸胃的不耐受，在服用藥物後，有可能就會出現反胃、噁心，或者嘔吐，有時也會伴隨腹痛、腹脹、腹瀉等腸胃道的不良反應。
