小兒柴桂退熱顆粒是一種常見的中成藥，一般沒有明顯的副作用，基本上不會對患兒身體產生損傷。極個別患者在服用小兒柴桂退熱顆粒之後會出現輕度腹瀉、腹脹、噁心、嘔吐等胃腸道反應，但是症狀較輕微，在停藥之後臨牀症狀即可消失。
其次，極少數患者屬於過敏體質，可能會對小兒柴桂顆粒中一種中藥成分過敏，進而導致服藥之後出現皮疹、皮膚瘙癢、皮膚髮紅等皮膚過敏症狀。
