顱骨凹陷可能是因顱底凹陷症、進行性肌營養不良症等因素引起的，也可能是由顱骨的陳舊性骨折、顱腦損傷等疾病造成。
1、顱底凹陷症：顱底凹陷症是一種先天性疾病，一般爲良性病變，通常是因胎兒在母體發育過程中，神經系統變異而引起的，常表現爲顱骨凹陷。
2、進行性肌營養不良症：若因遺傳因素或基因缺失等，引起進行性肌營養不良症，就會導致患者吸收鈣質的功能出現障礙，表現出肌肉萎縮等不良症狀，進而引發顱骨凹陷。
3、顱骨的陳舊性骨折：若以往患者的頭部受到撞擊，且症狀較嚴重，如造成顱骨凹陷性骨折，當病情恢復後，就可能會表現出以上症狀。
4、顱腦損傷：若頭部受到猛烈撞擊，致使顱腦損傷，導致顱骨脫離原有位置，顱骨內板或外板向內凹陷，當凹陷到一定程度時就爲顱骨凹陷。建議患者及時就醫，可在醫生的指導下進行清創手術進行治療。
