中醫灌腸時藥物無腐蝕性，規範操作對身體傷害不大。但藥物有腐蝕性或頻繁灌腸、灌腸時操作不當等，對身體危害較大。
中藥灌腸分爲清潔灌腸和保留灌腸兩種類型，清潔灌腸是爲做腸鏡檢查、腸道手術，徹底清除腸道內的糞便而進行的治療。保留灌腸是將中藥灌入腸道保留一段時間，通過腸壁吸收達到治病目的的治療方法。只要藥物對身體健康無太大影響，規範操作，灌腸是沒有損害的。
但灌腸所使用的藥液對腸黏膜有腐蝕作用的藥物，很可能會損傷腸黏膜，有腹脹、腹痛、便血等表現。頻繁灌腸會導致腸道內的益生菌流失，使腸道菌羣失調，也可能有腹痛、腹瀉、便祕等症狀。灌腸利用藥物強制使腸道產生排便反應，如灌腸次數過多，使腸道敏感性下降，形成依賴性，不灌腸就不會有排便反應，對身體健康危害很大。灌腸時手法過於粗暴，也可能會導致使黏膜損傷，出現感染。
