胃鏡檢查有着很多的危害，比如引起的喉頭水腫、痙攣、下頜關節脫位，食管、胃壁及十二指腸的穿孔破裂、出血等，這類原因往往是因爲操作不熟練，術中患者不配合等造成的，還有胃鏡檢查也可能引起像肝炎、艾滋病等疾病的交叉感染，做胃鏡需要去正規的醫院，聽醫生的意見。
現代人忙於工作忙於生活，肩上擔子重，各種壓力都得自己扛着，經常容易出現作息不規律、飲食不科學、心情不美麗的情況，很多人都因此患上了胃病。胃病嚴重的話是需要做胃鏡，但是胃鏡會對胃部造成一定的損傷。那麼胃鏡的危害有哪些？
常見的風險一般分爲技術因素和主體自身因素。技術包括喉部水腫、痙攣、下頜關節脫位、食管、胃壁、十二指腸穿孔、出血等。這些原因往往是由於手術技術不熟練和術中患者的不配合造成的。現在，隨着內鏡技術的成熟和訓練的加強，這樣的損傷已經很少見了。
還有一類就是，因爲個體的區別，實際檢查中可能出現不能預料的意外。諸如心臟事故、惡性心律失常和心臟驟停等事件也時有報道。由於食道位於縱隔，胃鏡手術或多或少會對心包及大血管造成一定的壓力，一些敏感的人可能會引起心臟不適，從而引起心臟事故。還有吸入性肺炎、窒息和吸入性肺炎等常見於兒童和老年人。
做胃鏡的時間長短需要按照病人的病情來做判斷，比如像胃食管反流病多部分患者單獨做胃鏡是看不出來的，這些人不需要每年做一次胃鏡檢查，根據情況，大多數人幾年內也不需要再做一次檢查。雖然胃食管反流症狀很難受，但是病情只是對自身的生活治療有影響，對食管對胃沒有器質性的改變。這類人沒必要經常做胃鏡。
胃鏡檢查也會導致肝炎、艾滋病等疾病的交叉感染。現在標準的醫院和治療機構已經將內鏡洗脫程序標準化，這是非常罕見的。
雖然胃鏡檢查有一定的風險和副作用，但一些已經有較高患病風險或上消化道惡性腫瘤的人必須定期接受檢查。可以拒絕檢查，放棄進食，以免窒息。
