做胃鏡的危害主要有功能紊亂、出血、感染等。胃鏡技術現在已經非常成熟，患者通過胃鏡檢查可以明確病因，檢查後出現危害情況比較少見。但胃鏡畢竟屬於有創檢查，有些患者檢查後可能會出現噁心、嘔吐、胃脹、胃痛等情況。
1.功能紊亂：很多行胃鏡檢查後的患者，會出現胃脹、胃痛、消化不良等症狀，這些都是由於在檢查時儀器刺激胃和十二指腸壁，導致胃和十二指腸節律性紊亂，消化功能下降，此時患者不需要過度緊張，注意休息，清淡飲食即可。
2.出血：行活檢、胃粘膜切除術的患者，胃鏡檢查後易出現便血、嘔血等情況，這可能是因爲胃鏡損傷粘膜所致，患者需要遵醫囑禁食，避免過度活動，以此減少粘膜處摩擦即可。如果出血量較大，注意及時就醫。
3.感染：胃鏡檢查後，一些患者會出現咳嗽、腹瀉等情況，這是由於肺部感染和消化道感染所致，主要因爲胃鏡檢查時誤吸和消化道出血所致，所以患者在檢查前一定要禁食8小時，檢查後如果有出血情況注意就醫，防止感染髮生。
