慢性結腸炎類型很多，輕度感染性自身抗病能力較好，有可能自愈；如果是自身免疫性慢性結腸炎，需終需要用藥或手術治療，很難自愈。 導致慢性結腸炎病因很多，病毒、細菌入侵，反覆刺激腸道，出現感染性慢性結腸炎。如果抗病能力較好，感染慢性急腸炎病情較輕，腸道自我調節能力可把細菌、病毒等有害病原體消滅，這時慢性結腸炎就可能自愈。不過這種情況較少見。 潰瘍性結腸炎、炎症性結腸炎都屬於自身免疫性疾病，這類慢性結腸炎常會遷延不愈，只能通過終生應用藥物控制病情；甚至需要手術治療，才能取得理想效果。
