所有藥物都有毒副作用，抗癲癇藥物也不例外，特別是足劑量的長期用藥，使抗癲癇藥物更容易發生副作用。目前臨牀上常用的抗癲癇藥物都是經過長期大量反覆的臨牀實驗，有效率爲70%～80%，被證明其確實是療效好，毒副作用相對較小的藥物。
許多家長錯誤地認爲抗癲癇藥物長期服用會影響孩子的生長髮育，損害身體健康，實際上抗癲癇藥物的毒副作用與其抗癲癇作用相比要小得多，而且僅有少數或極少數患者纔會出現這些毒副作用，而決大多數患者服藥後都是安全的。在這些極少出現的毒副作用中，多數情況下都是損害是可逆的。例如大部分抗癲癇藥物都可能造成肝功能損害，肝功能檢查會發現轉氨酶異常，聯合應用保肝藥物後可好轉，在治療療程結束後一般都能自行恢復。
患者和家屬應積極配合醫生治療，定期複查血常規、肝功能等檢查醒目，及早發現藥物毒副作用，積極處理，一般不會造成嚴重後果。對過量用藥造成藥物毒副作用者應適量減藥；個別特異性體質對某些藥物過敏者，可及時更換成其他同類抗癲癇藥。
