有大約1/3的乙肝病毒感染女性在育齡期會出現肝功能異常，成爲慢性乙型肝炎患者。在這種情況下懷孕是有風險的。因爲懷孕期間胎兒的發育需要大量營養，勢必加重母親肝臟的負擔，常常導致肝功能惡化和多種妊娠併發症，甚至發展爲重症肝炎。
另一方面，在肝功能不正常時懷孕，也會影響到胎兒的發育，早產和胎死宮內的發生率增加。嚴重的肝病還會導致產後出血和感染。因此，在肝功能異常時，醫生往往建議先治療，等肝功能恢復正常後再懷孕。那麼，肝功能異常的育齡期乙肝女性應該如何治療呢?
慢性乙型肝炎的治療包括保肝降酶治療和抗病毒治療。孕前女性輕度或偶發性肝功能異常可以先服用保肝降酶藥治療，如：甘草酸類藥物、垂盆草沖劑、護肝片等五味子的中成藥等，待肝功能恢復正常後不要馬上停藥，慢慢減量，逐漸停藥。
停藥後觀察一個月未復發，則可以備孕。如保肝降酶藥物治療無效，或ALT反覆升高大於正常值上限2倍，或有明顯的肝纖維化表現，則應該和其他乙肝患者一樣按照我國的《慢性乙型肝炎防治指南》推薦的抗病毒治療方案進行抗病毒治療。若不治療，則可能導致肝功能長期異常，逐漸加重肝臟纖維化，增加肝硬化和肝病進展的風險。
我國的《慢性乙型肝炎防治指南》和亞太地區的乙肝治療指南均推薦未懷孕的育齡婦女若有治療適應症，可應用干擾素或核苷(酸)類藥物治療，但在治療期間應採取可靠措施避孕。這是因爲干擾素不僅具有較多的副作用，對妊娠有明顯影響，而且有抗細胞增殖的作用，可能影響胎兒發育;而核苷(酸)類藥物在孕早期乃至整個孕期使用，胎兒在母親子宮內長期暴露藥物的安全性數據尚少，應儘量避免。
但是，干擾素抗病毒療效有限，只有不到1/3的女性可能使用干擾素治療成功後停藥懷孕，2/3以上的女性有可能因爲療效不佳或干擾素的副作用導致治療失敗。而核苷(酸)類藥物需要長期治療，僅有20%的HBeAg陽性患者經短期治療實現e抗原血清學轉換，12%達到持續病毒抑制而停藥。這就意味着大部分接受治療的育齡女性有可能需要在治療期間懷孕。
