母乳性腹瀉是否要停母乳與腹瀉的嚴重程度有關，輕微腹瀉時無需停母乳，母乳性腹瀉特別嚴重時需停母乳。
小兒腸胃系統功能發育不完善，可能缺乏乳糖酶。母乳中的乳糖含量較高，吃母乳後會因乳糖不耐受導致腹瀉。如腹瀉症狀不是特別嚴重，小兒的生長髮育不受影響，一般無需停用母乳，可能隨着月齡增加，腸胃逐漸適應母乳中的成分時，腹瀉症狀就能逐漸緩解。必要時在寶寶吃母乳前添加乳糖酶，緩解腹瀉症狀。
母乳性腹瀉還可能與母親的飲食有關，腹瀉不嚴重時也無需停止母乳，但媽媽要注意調整飲食，避免吃甜食，減少碳水化合物的攝取，減少高蛋白食物的攝取量，也能使母乳性腹瀉自行恢復。
但如母乳性腹瀉特別嚴重，寶寶持續出現蛋花樣稀便，大便次數特別多，存在脫水、體重不增長或生長髮育遲緩等情況，要暫停母乳，應用無乳糖奶粉進行餵養，減少患兒消化乳糖的負擔，可使腹瀉症狀逐漸消退。還可以補充益生菌，調理腸道菌羣，緩解腹瀉症狀。
