少數膽總管結石能自愈，如結石較小時，會隨着壓力增加掉到十二指腸，解除梗阻。但大多數膽總管結石不能自愈，需積極治療，否則會引發併發症，嚴重影響身體健康。
一、少數膽總管結石能自愈
膽總管結石有自愈的可能，但自愈率非常低。若膽總管內結石較小，位於膽管開口下端，可在出現急性膽管炎後，隨着壓力增加，讓小結石掉到十二指腸，這時會解除梗阻，膽結石引起的不適症狀會消失。也有些膽結石是膽管一過性排石，結石排出後，也達到自愈目的。
二、大多數膽總管結石不能自愈
大多數膽總管結石不會自愈，需積極治療，否則會引發膽囊炎、膽道梗阻等多種併發症，對身體健康的危害很大。一般出現膽總管結石時，可在內鏡下取石，也可選擇開放手術取石，可治癒膽總管結石。
