根據新型冠狀病毒數據庫目前共享的信息顯示，奧密克戎變異株的突變位點數量，明顯多於近2年流行的所有新型冠狀病毒，尤其在病毒刺突蛋白突變較多。推測其出現的原因可能有三種情況，大量突變、動物感染後病毒突變、進化代謝沒有及時發現。
1.大量突變：免疫缺陷患者感染新型冠狀病毒後，在體內經歷了較長時間的進化累積了大量突變，通過偶然機會傳播。
2.動物感染後病毒突變：某種動物羣體感染新型冠狀病毒，病毒在動物羣體傳播過程中發生適應性進化，突變速率高於人類，隨後溢出傳染到人類。
3.進化代謝沒有及時發現：該變異株在新型冠狀病毒基因組變異監測落後的國家或地區持續流行了很長時間，由於監測能力不足，其進化的中間代次病毒未能被及時發現。
