新生兒淚囊炎是由於鼻淚管下端的胚胎殘膜沒有退化，阻塞鼻淚管下端，導致淚液和細菌瀦留在淚囊內，引起繼發性感染所致。
一般情況下，新生兒出生時在母親產道中受到擠壓，鼻淚管末端的瓣膜會破裂，從而促使鼻子與眼淚之間的通道打開。當鼻淚管末端的瓣膜沒有破裂時，就會導致眼淚不能通過鼻腔排出，使得眼淚一直積壓在淚囊中，不僅眼淚越積越多，細菌也會在這裏滋生並盡情繁殖，形成膿包。
如果這些細菌的病毒性很強，就會穿破淚囊，跑到周圍的組織中去，這時候新生兒不僅眼淚多，還有眼屎多、內眼角下方鼻根處又紅又腫的情況，這就是急性淚囊炎。如果治療不及時，淚囊化膿後甚至會爛穿皮膚表層，形成淚囊瘻。
新生兒淚囊炎對未經產道擠壓的剖腹產嬰兒比較常見，不過絕大多數患兒在經過治療後會在出生4-6周內有所好轉，少部分患兒會出現更嚴重情況。
