1、慢性細菌性痢疾常有急性細菌性痢疾史，抗菌藥物治療有效，糞便培養分離痢疾桿菌，腸鏡檢查時取粘液膿性分泌物培養陽性率高。
2、慢性阿米巴痢疾 病變主要侵犯右側結腸，也可累及左側結腸，結腸潰瘍較深，邊緣深切，潰瘍間黏膜正常。糞便或結腸鏡取出的分泌物中可找到阿米巴滋養體或包囊。抗阿米巴治療是有效的。
3、血吸蟲病在疫區有疫情接觸史，糞便檢查可見血吸蟲卵，孵化毛蟲陽性。直腸鏡檢在急性期可見直腸黏膜有黃褐色顆粒，活檢壓片或組織病理檢查，可見血吸蟲卵。患者經常伴隨着肝脾大。
4、腸易激綜合徵 糞便有黏液但無膿血，可有便祕和腹瀉交替，常伴腹痛、腹脹、腸鳴及神經功能症，各種檢查無明顯器質病變發現，症狀與情緒、精神狀況密切相關。
5、結腸癌 多見於中年以後，肛門指診常能觸到腫塊，糞潛血試驗常陽性，X線鋇灌腸、結腸鏡檢有鑑別診斷價值。
