禽流感患者多數輕症病例預後良好，無後遺症。有些病例病情發展迅速，出現重症肺炎、急性呼吸困難綜合徵、肺出血、胸腔積液、全血細胞減少、多器官功能衰竭、敗血症、休克和Reye綜合徵等多種併發症，可致死。常見併發症包括:
原發性病毒性肺炎:多見於原心肺病患者，肺病變主要是漿液性出血性支氣管炎，患者多死於心力衰竭和周圍循環衰竭。
繼發性細菌性肺炎:最常見的病原菌是肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌和流感嗜血桿菌，患者病情逐漸惡化，或者暫時改善後臨牀症狀進一步惡化，咳嗽、咳嗽、膿痰，肺部實變體徵出現，x線發現肺部有片狀和斑片狀影。
心肌炎:據報道，流感病毒性肺炎可以併發心肌炎。
