一般情況下，精液的生化檢查可以幫助診斷疾病的種類，並進行鍼對性的治療。具體分析如下：
精液包括精子和精漿兩部分。精漿的生化分析可幫助判斷附屬性腺的分泌功能和輸精管道可能隔阻的部位。檢查內容包括果糖測定、pH、酸性磷酸酶、微量元素及中性a-糖苷酶等。當精液中果糖缺乏，pH低於6.7，同時新鮮精液不凝固，精液量少，則應考慮精囊腺分泌缺乏或兩側輸精管阻塞。若精液不液化，精液量少，缺乏酸性磷酸酶，則表明前列腺功能減退，前列腺炎或前列腺管道阻塞。前列腺癌和前列腺增生患者這些生化指標也可有變化。
糖尿病患者精液中的果糖可高於正常人的2倍，精液量大於6ml，精子活力下降。通過檢測精漿中的中性a-糖苷酶，可瞭解附睾功能，阻塞性無精子症患者精漿中的中性a-糖苷酶活性明顯低於非阻塞性無精子症患者精漿中的活性。另外，精液的成分在正常水平可作爲睾丸產生雄激素水平的一項指標。
