乳糖酶缺乏多見於嬰幼兒，可以根據孩子的年齡、飲食情況、乳糖酶缺乏病因等進行相應的治療和調整，緩解乳糖酶缺乏造成的不適症狀。
先天性乳糖酶缺乏，具有遺傳性，此時建議暫時不要母乳餵養，使用特殊配方奶粉，就是不含乳糖的配方奶。必要時給寶寶口服乳糖酶，藥物作用下幫助體內的乳糖轉變爲半乳糖。給小嬰兒使用乳糖酶時，可以將藥物和奶粉混合均勻放置10分鐘後再餵養。隨着寶寶年齡增加，乳糖不耐受的情況會慢慢好轉。
暫時性乳糖酶缺乏，可能和腸道細菌或病毒感染有關，如輪狀病毒腹瀉，寶寶會出現繼發性乳糖酶缺乏，腹瀉時間比較長，此時也建議選擇無乳糖配方奶粉，同時對症治療腹瀉症狀。等急性腸炎恢復後，乳糖酶逐漸恢復正常水平，此時消化吸收功能也會正常了。
