馬方綜合徵較爲嚴重。但是常合併心血管併發症、眼部併發症、神經系統併發症，致死率過高。
1、心血管併發症
馬方綜合徵常合併主動脈瘤、主動脈夾層、心臟瓣膜異常等先天性心血管疾病。而主動脈瘤有破裂出血性傾向；主動脈夾層、心臟瓣膜異常則容易導致心衰死亡患者生命受到威脅，需儘快進行手術。
2、眼部併發症
馬方綜合徵合併眼部併發症多見於男性患者。將近有50%患者伴有雙側晶狀體脫位、高度近視、虹膜炎、視網膜剝離、眼眶角改變等。
3、神經系統併發症
馬方綜合徵可合併蛛網膜下腔出血、頸內動脈瘤、癲癇等神經病變性疾病。這些併發症難以控制，遷延不愈，嚴重時可帶來致命危險。
