在做腸胃鏡時會存在輕微的不適，大多數都可以忍受，但由於每個人對疼痛的敏感度不同，因此會存在個體差異。
因爲在做腸胃鏡時，操作比較簡單，首先需要口服導泄類藥物，將腸道內的垃圾排出體外，保持乾淨的情況下，在將電子鏡軟管通過口腔插入胃內，在通過影像學傳送到電腦上，能夠用來判斷胃內是否存在病變等問題，比如胃潰瘍、胃部息肉以及惡性腫瘤等。
一般在進行檢查時對腸道並不會造成太大的刺激，因此並不會產生明顯的疼痛感，只是在插入軟管的過程中會對喉嚨造成不適的感覺，但大多數都可以忍受，不需要特殊處理。如果特殊患者對疼痛敏感度比較高，可以在醫生的指導下進行無痛腸胃鏡檢查。
建議患者不用過於擔心，保持良好的心態，聽從醫生的安排，配合治療，並不會造成太大影響。
