藥流時有明顯疼痛感，具體疼痛程度、持續時間與個人體質、藥流是否成功有關，不能一概而論。
藥流時需服用米非司酮片和米索前列醇片，前兩天服用米非司酮片殺死孕囊，此時大多無明顯不適症狀，少數體質敏感者有腹部輕微疼痛感。第3天要服用米索前列醇片促使孕囊排出，大多在用藥2個小時後有下腹疼痛、陰道出血癥狀。如爲疼痛較爲敏感，可能有疼痛難耐感。如對疼痛不敏感，通常可耐受腹痛感。大多數女性的劇烈疼痛感持續時間爲2-3個小時，當孕囊排出後，腹部疼痛感會明顯減輕。孕囊排出後，子宮收縮促使子宮復舊，還有腹部疼痛感，但疼痛症狀較輕，持續時間爲1-2天，就能消退。
如藥流後孕囊不能排出，就是藥流不全，腹部疼痛感明顯，持續時間較長，陰道出血量較多，需及時去醫院做B超檢查，確診後需做清宮治療。
