腦炎通常由病毒或微生物感染導致，大多數病例由病毒引發，細菌，真菌，寄生蟲感染也是比較普遍的原因，腦炎也有可能由各種非感染性誘因引發，急性腦炎有很多種類型，比較常見的細菌性腦炎及病毒性腦炎等，那麼，小兒腦炎的原因都有哪些？
常見的致病菌有流感嗜血桿菌和肺炎鏈球菌等。新生兒以大腸桿菌、副大腸桿菌、B簇溶血性鏈球菌和金黃色葡萄球菌等多見;嬰幼兒以肺炎球菌、流感嗜血桿菌多見;年長兒則以肺炎球菌多見。由於小兒機體抵抗力較弱，血-腦脊液屏障功能發育尚未完善，故細菌容易侵入神經系統而發病。原發性免疫缺陷病、長期應用腎上腺糖皮質激素或免疫抑制劑易繼發本病，並以葡萄球菌、銅綠假單胞菌及變形桿菌爲多見。
病原體可通過多種途徑感染中樞神經系統：如血行感染;鄰近病竈直接感染;通過外傷致血一腦脊液屏障受損部位侵入及腰穿等醫源性因素等。最常見的途徑是血行(即菌血症)播散所致。細菌進入血循環後，其莢膜可干擾單核吞噬細胞系統的調理吞噬作用，且未經免疫的機體缺少IgA或lgM莢膜抗體，或有備解素系統等免疫缺陷者更無法克服細菌莢膜的抗吞噬作用。
隨後，細菌通過側腦室脈絡膜叢及腦膜，隨腦脊液播散至蛛網膜下腔並迅速繁殖。革蘭陰性菌細胞壁脂多糖(內毒素)和肺炎鏈球菌細胞壁成分磷壁酸、肽聚糖等均可造成顯著的炎症反應，並促使腫瘤壞死因子、白細胞介素-1、前列腺素-2等細胞因子的產生，從而導致中性粒細胞浸潤、血管通透性增加、血腦屏障改變和血栓形成等病理變化。
