一般反流性食管炎輕症不會癌變，只有長期反覆發作可有癌變傾向，因此需儘早積極採取治療措施。 反流性食管炎可致食管狹窄、出血、潰瘍等併發症外，反流的胃液尚可侵蝕咽部、聲帶和氣管而引起慢性咽炎、慢性聲帶炎和氣管炎，嚴重可造成癌變。 輕度反流性食管炎可進行內科治療，減少胃內分泌物刺激、腐蝕性，選擇制酸劑中和胃液，促進胃動力藥物可減少胃酸、蛋白酶分泌，聯合應用可提升療效。對於病情嚴重者，可採用外科手術治療，修復疝裂孔、糾正食管狹窄。
